Il Santuario di Paterno ha seguito il corso degli avvenimenti dell'ordine  dei Minimi, che germogliò nel quattrocento, si sviluppò nel cinquecento, fiorì nel seicento e decadde nel settecento.
La decadenza del Santuario iniziò con la Rivoluzione Francese e, successivamente, con l'occupazione della penisola da parte di Napoleone. Nel 1807 il nuovo governo di Napoli soppresse gli Ordini monastici: i Padri Minimi furono costretti a lasciare il Santuario e i loro beni furono confiscati e venduti. Ritornarono dopo 36 anni nel 1845. ma nel 1866 una nuova legge colpi gli Ordini religiosi e il Santuario fu abbandonato per la seconda volta. Finalmente nel 1898. i Padri Minimi tornarono a Paterno avendo ottenuto in enfiteusi dal Comune i locali conventuali.
Questo momento costituisce un patto storico importante per l'Ordine dei Minimi e per il Santuario di Paterno. Fin dal 1899 i Padri iniziarono un'opera di consolidamento, restauro ed abbellimento alla Chiesa ed al Convento.

L'interesse dei cittadini per il completamento del restauro ècresciuto in questi ultimi anni. Nel 1968 sono stati restaurati e decorati il salone cinquecentesco del chiostro e l'oratorio: nel 1969 e stato costruito un muro di recinto che da sulla piazza e sono state intonacate le pareti perimetrali del Convento. Grande è il culto che viene tributato a S. Francesco nel Santuario di Paterno. Il culto pubblico viene reso nel venerdì di tutto l'anno e nelle quattro reste annuali, di cui tre votive.
La prima testa votiva ricorre il 12 febbraio a ricordo del terremoto del 1854, la seconda cade la terza domenica di marzo a ricordo del terremoto del 1638, la terza è l'8 settembre per il terremoto del 1905: esse vogliono essere un rinnovato ringraziamento a S. Francesco per la sua protezione manifestata per la nostra terra "ballerina", La festa grande si celebra la seconda domenica dopo Pasqua in coincidenza con la celebrazione liturgica. Vi affluiscono migliaia di devoti da Cosenza e dai comuni vicini. Vengono per elevare al Santo le loro semplici preghiere. per baciare le sacre reliquie. per rivedere il luogo dove il Santo ha lasciato le sue tracce, per sciogliere un voto o per lasciare l'offerta personale o ricevuta dai parenti emigrati, lontani ma sempre devoti al Santo protettore. Il culto privato di S. Francesco non ha date; durante tutto l'anno i devoti vengono a invocare S. Francesco a Paterno che,come è stata la seconda patria del Santo, così e il secondo centro di culto in suo onore.

Come ai tempi della presenza del Santo, ancheo oggi si riparte da questo luogo, più sereni nel cuore e pieni di pace. I religiosi che custodiscono il Santuario, conservano lo stile d'accoglienza del Santo, ponendo a disposizione dei pellegrini il loro servizio sacerdotale, la chiesa, il giardino, il chiostro e il refettorio per vivere momenti di vera pace per lo spirito.L'anno giubilare ha visto inserito nei suoi itinerari di conversione questo luogo santo che. pur conservando il suo carattere povero, severo e silenzioso, ha assunto un alto valore spirituale, divenendo centro di richiamo per tanti smarriti nella vita alla ricerea di un incontro pieno ed autentico con il Cristo.
Secondo le finalità del Grande Giubileo, promosso dal Papa Giovanni Paolo II°, nella nostra Calabria ci si ripropone la riscoperta di luoghi che nel passato ed ancora oggi. hanno favoritouna conversione e riconciliazione con la fede attraverso l'azione svolta da grandi figure di Santi.
Fra i tanti paesi c'è Paterno Calabro, dove e ancora viva e forte la voce di S. Francesco.